Die Anfänge gehen auf das Jahr 1919 zurück, als eine mykologische Gesellschaft durch Viktor Schiffner (1862-1944), Heinrich Lohwag (1884-1945) und Thomas Cernohorsky (1882-1956) gegründet wurde.
Während der ersten Generalversammlung im Dezember 1919 wurde V. Schiffner zum ersten Präsidenten gewählt. In der Folge wurden öffentliche Pilzvorträge, -beratungen und -exkursionen abgehalten und Informationsbroschüren erstellt. Pilze sammeln hatte in dieser Zeit wirtschaftlicher Not und Nahrungsmittelknappheit nach dem 1. Weltkrieges große praktische Bedeutung. Umso wichtiger war es auch, die Bevölkerung über Speise- und Giftpilze aufzuklären. Die Räumlichkeiten der Gesellschaft, inklusive der von Lohwag und Schiffner initiierteN Bibliothek, befanden sich im Botanischen Garten der Universität Wien.
1929 Annahme des Namens Österreichische Mykologische Gesellschaft.
1936 Beginn der Herausgabe der Mitteilungen der Österreichischen Mykologischen Gesellschaft
1938 Umbenennung in die Österreichische Zeitschrift für Pilzkunde
1938 Nach der Annexion Österreichs durch Nazi-Deutschland zwangsweise Fusion mit der Deutschen Gesellschaft für Pilzkunde, Berlin zur Deutschen Mykologischen Gesellschaft mit Sitz in Wien (Präsident: H. Lohwag). Der Name der Zeitschrift wurde in Deutsche Blätter für Pilzkunde geändert, deren Erscheinen 1944 infolge Papierknappheit eingestellt wurde.
1944/45 Zerstörung der Räume der Gesellschaft durch Bomben.
1945 Neugründung der Österreichischen Mykologischen Gesellschaft; Tod von H. Lohwag (22.9.1945). Bezug der neuen Gesellschaftsräume im Schussnigschlössel.
1946 Wahl von Josef Kisser zum Präsidenten und von Kurt Lohwag zum Vizepräsidenten.
1949 Wahl von Franz Petrak zum Präsidenten und von Ernst Thirring und Thomas Cernohorsky zu Vizepräsidenten.
1952 Erste internationale mykologische Exkursion in Fritzens, Tirol, organisiert von Meinhard Moser.
1954 Wahl von Ernst Thirring zum Präsidenten.
1955 Zweite internationale mykologische Exkursion in Wien, organisiert von Kurt Lohwag.
1962 Organisation eines Arbeitstreffens in St.Georgen/Attergau, Oberösterreich.
1965 Erste Dreiländertagung in Österreich in Klagenfurt, Kärnten.
1969 Dreiländertagung in Fritzens, Tirol.
1970 Wahl von Kurt Lohwag zum Präsidenten; nach dessen Tod im Mai 1970 von Prof. Dr. Meinhard Moser zum Präsidenten.
1973 Dreiländertagung in Viechtwang-Scharnstein, Oberösterreich.
1977 Dreiländertagung in Graz, Steiermark.
1979 Mehrmonatige Gastprofessur von Prof. Rolf Singer am Institut für Botanik der Universität Wien. Dieser Aufenthalt initiierte die Gründung des Herbariums der Gesellschaft und gab den Mitgliedern der Gesellschaft einen neuen, starken Stimulus, sich neben der volksbildnerischen Tätigkeit vor allem auch der wissenschaftlichen Mykologie zu widmen. Das Herbar ist organisatorisch ein Teil des Herbars des Instituts für Botanik (WU), wird aber von der Gesellschaft autonom verwaltet.
1982 Dreiländertagung in Jenbach, Tirol.
1985 Weitere Gastprofessur von Prof. Rolf Singer am Institut für Botanik der Universität Wien.
1986 Dreiländertagung in St. Veit, Kärnten.
1990 Dreiländertagung in Korneuburg bei Wien, Niederösterreich.
1994 Dreiländertagung in Ebensee, Oberösterreich.
1998 Dreiländertagung in Rotholz, Tirol.
2001 Wahl von Anton Hausknecht zum Präsidenten und von Prof. Meinhard M. Moser zum Ehrenpräsidenten
2002 Dreiländertagung in Graz, Steiermark, am Institut für Botanik der Univ. Graz.
30.9.2002 Tod von Prof. Meinhard M. Moser
2009 Dreiländertagung in Litschau im Waldviertel
2013 Dreiländertagung in Tamsweg im Lungau
2014 Wahl von Irmgard Krisai-Greilhuber zur Präsidentin und von Anton Hausknecht zum Ehrenpräsidenten